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恶意短信验证码骚扰短信是违法的，属于骚扰电话的一种形式。如果收到此类骚扰短信，可以采取以下措施进行处理。
1、及时向电信运营商举报投诉，对于垃圾短信，可以向相关运营商举报，要求运营商屏蔽相关号码或将其加入黑名单。
2、向公安机关报案，如果骚扰短信涉及到恐吓威胁等严重情况，可以向公安机关报案，寻求帮助并保护自己的合法权益。
3、举报相关网络平台，如果骚扰短信来自特定的网络平台或应用，可以向相关平台投诉举报，要求平台采取措施屏蔽相关号码或信息。
4、自行屏蔽相关号码，如果骚扰短信来自特定的号码，可以将其加入手机黑名单，屏蔽其发送的所有信息。
5、保留证据，对于骚扰短信，应该及时保存相关证据，如短信记录、通话记录等，以备日后维权之需。
为了防范此类骚扰，也可以采取一些预防措施，如加强个人信息保护、不轻易泄露个人信息等。
对于恶意短信验证码骚扰短信，应该及时采取措施进行投诉和举报，并加强个人信息保护，避免个人信息被不法分子利用。